Mitte des 11. Jahrhunderts beginnt die Geschichte des heutigen Amtsgerichts.
Zur damaligen Zeit befand sich das Land zwischen Ammer und Würmsee im erblichen Besitz der Grafen von Dießen und späteren Grafen von Andechs. Jahre nach ihrem Absturz 1208 wurde die Grafschaft Andechs den Wittelsbacher Herzogen zugesprochen und eine von Beamten getragene Landgerichtsorganisation eingerichtet. Hier liegen die Anfänge des Gerichts Pähl, welches später in Gericht Weilheim umbenannt wurde.
Einer der dortigen Pfleger war der um 1420 geborene Hans Heseloher. 1460 wurde er auf Lebenszeit zum Pfleger von Pähl, 1465 zum Land- und Stadtrichter zu Weilheim ernannt.
Eine Gedenktafel im Gang zu den Sitzungssälen erinnert noch heute an ihn.
Nach seinem Tod wurde der Landrichter- und Pflegeamtssitz von Pähl nach Weilheim verlegt, so dass 1520 endgültig von einem Landgericht Weilheim gesprochen werden konnte.
1827 hat das Landgericht Weilheim die bis 1977 gültige Landkreisgrenze erreicht.
Seinen Sitz hatte das Landgericht Weilheim in der Hofgasse im "Herzoglichen Pflegschloss", in das spätere das Finanzamt eingezogen ist.
Im Jahre 1879 wurde aus dem mittelalterlichen Landgericht das Amtsgericht Weilheim.
In das heutige Amtsgericht-Gebäude zog das Amtsgericht im Jahre 1925.
Gebaut wurde das ursprüngliche Gebäude 1915 für das Wehrkreiskommando.

Das Amtsgericht Weilheim ist jetzt ein Teil der bayerischen Justiz und dem Oberlandesgericht München unterstellt.

2006 wurde das Gebäude des Tierzuchtamtes in der Waisenhausstraße 5 gekauft.
Am 01.10.2007 zog das Versteigerungs- und Insolvenzgericht ein. Eingeweiht wurde das Gebäude am 23.10.2007.